动植物基因组重测序

对已知基因组序列的物种进行高通量测序,获得大量可遗传的变异信息,实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。

变异检测(二代测序/三代测序)

对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,通过序列比对可以检测到大量变异信息,包括单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)、结构变异(SV)和拷贝数变异(CNV)等,在全基因组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异信息,从而获得生物群体的遗传特征。

群体进化(二代测序/三代测序)

通过获得某物种自然群体各亚群的SNP、InDel、CNV和SV等变异信息,解析群体的遗传多样性、遗传结构、群体进化动态等生物学问题,从分子层面深入研究该物种的进化历程。

GWAS全基因组关联分析(二代测序/三代测序)

全基因组关联分析(Genome Wide Association Study,GWAS)通过对多个个体在全基因组范围内的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与可观测的性状(表型),进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性P值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关基因。

BSA性状定位(二代测序)

BSA(Bulked segregation analysis)即混合分组分析,也称分离群体分组分析,是一种通过在群体中挑选极端或代表性性状(单一性状)的个体组成混池进行分析的方法。通过研究混池之间等位基因/分子标记频率的差异,将与性状相关的位点在基因组上进行定位。

指纹图谱(二代测序)

通过SNP标记观察样品中DNA的独特的模式来识别个体的方法,可提供丰富的个体特异性遗传标记,对于品种鉴定与知识产权的保护、品种亲缘关系和分类研究具有重要意义。

核心种质(二代测序)

采用一定方法,从保存的种质资源中抽取一个核心子集,以较少的遗传资源样本量最大限度地保存代表整个资源群体的遗传多样性,同时代表了整个群体的地理分布。

应用方向
  • 分子育种:表型性状定位、基因分型、分子标记开发、优质基因资源筛选、功能基因挖掘、突变位点鉴定、基因资源及遗传多样性研究;
  • 进化研究:物种进化、驯化及改良研究、种群历史研究、作物的起源研究、动物的迁徙研究;
  • 生理机制研究:抗逆与抗病研究、动植物生殖发育研究、致病机理研究;
产品优势
超大规模的测序平台

拥有2台Illumina NovaSeq X Plus和16台 Illumina NovaSeq 6000、5台PacBio Revio 和21台 PacBio Sequel II/IIe等国际主流的二三代高通量测序平台,通量高、周期快、产出稳定

专业的方案设计

从材料选取、建库、测序再到数据分析,每一步都有专业的人员辅助科学、缜密的方案设计,以保障高质量研究成果

丰富的项目经验

贝瑞基因拥有数万例的动植物基因组重测序样本分析经验,参与棉铃虫进化研究(The Innovation)、菜豆遗传位点鉴定(Nature Genetics)等多篇顶级期刊文章发表

完善的分析内容

贝瑞基因不仅可以提供动植物基因组重测序标准分析服务,还可以根据项目需求选择最适宜的分析软件,提供个性化分析服务

一站式科研服务流程

经验丰富的硕博团队为您提供动植物基因组重测序项目方案设计、生物信息学分析、项目进展定时汇报及售后问题解答等一站式科研服务,保证高质量的结果交付

案例解析

结构变异在基因组上的分布特征及其与相邻基因表达的关系

结构变异导致的大规模基因表达改变驱动甘蓝形态多样化

SVs在调控基因表达过程中发挥着重要的作用。2024年发表在Nature Genetics 的甘蓝泛基因组研究通过PacBio HiFi等测序技术比较了27个甘蓝基因组的序列差异,发现不同甘蓝变种基因组之间存在大量的结构变异(SVs),且大多数(73%)SVs位于基因上下游区域。研究发现约70%的基因表达变化与SVs的状态相关,SVs既可以促进基因的表达,也可以抑制基因的表达,促进基因表达的SVs中含有显著多的转录因子结合位点,而抑制基因表达的SVs具有显著高的DNA甲基化修饰水平。这些结果说明甘蓝变种间大量存在的SVs通过调控相邻基因的表达推进甘蓝变种多样性的形成。