微生物测序

采用三代测序技术,对微生物基因组进行组装,基因功能挖掘,细菌群落组成鉴定,解析群落结构、系统进化等

细菌完成图

高通量测序技术的快速发展加速了对微生物基因组的研究,三代测序技术已经可以解决细菌基因组中重复序列长、极端 GC 含量区域无法跨越等组装难题,组装出比较完整的细菌“完成图”。

真菌精细图

真菌基因组一般在10M-150M,有多核和杂合等现象,利用三代测序技术的优势破译真菌基因组,获得全基因组序列图谱,从而进行功能基因组挖掘。

全长16S扩增子测序

16S rRNA基因是细菌身份的分子标记。通过三代测序技术对16s rRNA基因特定区域进行扩增和测序,研究环境中细菌的组成以及相对丰度。

文章案例

快速砂生物过滤池中的群落结构

全长16S测序揭示饮用水系统中锰氧化微生物对不同生物滤池滤料的响应

 

快速砂生物滤池(RSBF)被广泛用于去除饮用水处理系统中的污染物。生物滤池中的生物膜微生物群落结构在污染物的生物转化中发挥着重要作用。该研究利用PacBio全长16S扩增子测序技术对磁铁矿砂过滤池(MagSeRSBF)(40d、80d、120d,9个样本)和锰砂过滤池(MnSeRSBF)(40d、80d、120d,9个样本)中细菌群落进行研究,平均每个样本获得6058-11350条CCS,354-573个OTU。研究发现,变形菌门为所有样本优势菌门,假单胞菌属、拟杆菌属和丝状菌为优势菌属,且与假定的锰氧化细菌有关。种水平研究发现维氏假胞菌可能具有锰氧化的能力。MnSeRSBF的物种互作网络比MagSeRSBF更复杂。磁铁矿砂和锰砂的混合生物滤池可能是快速砂过滤锰氧化的可行性选择。

参考文献:Zhao Xin, Liu Bingfeng, Wang Xiuheng et al. Single molecule sequencing reveals response of manganese-oxidizing microbiome to different biofilter media in drinking water systems. [J]. Water Res, 2020,171: 115424.