贝瑞十年 | 从委托服务变身学术合作

发布时间:2020-05-22

讲述人:
邢世来,贝瑞基因科技服务事业部信息分析人员。
2016年从中科院植物研究所博士毕业后入职贝瑞,一直从事生物信息分析工作。在贝瑞,邢世来只是众多研究人员的一个缩影,他们通过各种测序平台,为客户提供精准的测序分析服务和启发性的科研建议,协助客户发表一篇篇顶级学术文章、在生命科学的前沿研究方向上走得更扎实更远。

 

2012年,在三元桥曙光里的一栋写字楼里,中科院植物所的博一学生邢世来因为一个科研项目,正在一家公司做考察。这家叫做贝瑞和康的公司(即贝瑞基因)给他留下了深刻的印象。他没有想到,四年后会成为其中的一员,更没有想到,他人生中的第一篇发表在顶级期刊上的文章也是在贝瑞这个平台上实现的。
“因为贝瑞有平台优势,在日行千里的基因测序行业,一个与时俱进、不断更新的平台太重要了。”邢世来坦言。
与国内众多中科院研究所、三甲医院、高校合作过多个项目后,邢世来对这一点更加深信不疑。


合作升级

2016年秋天,农科院作物研究所委托贝瑞提供菜豆研究测序服务,当时的样本量在200-300份左右。合作项目进行了半年之后,农科院项目组认识到这项研究的重要价值,决定把样本量增加到700份,并做GWAS分析。由于农科院对半年来的数据质量、分析质量和服务质量都非常满意,对贝瑞团队在项目过程中主动提出的有价值的建议和观点更是认可,所以提议该项目与贝瑞进行深度合作,从单纯的商业服务转变成项目合作。同时提出了一个简短而不简单的要求:务必确保国际水平的数据分析!
“这是同类研究中规模最大的研究之一,合作升级是客户对我们专业度最大的认可。”对邢世来而言,这是一项工作,更是一次历练。从数据的精准度,到提出启发性的分析思路,在他看来,都能够为客户的科研工作赋能。


为客户赋能

为了确保数据的国际水平,团队主动提出把之前测序过的样本用最新的测序平台重新测一遍,因为现在的平台比2016年的型号更加精准。测序完样本,项目进入信息分析阶段,这是本次合作最关键、也是最难的部分。
此次全基因组重测序共获4.27 Tb测序数据,平均基因组覆盖率为93.93%,每个样本平均测序深度为9.25X。“样本量很大,需要在四百八十万位点里,过滤掉假阳性,当把700份样本放一起时,位点缺失率如何控制在合理的范围,缺失的位点如何填补,填补的准确性又如何?”邢世来说,为了得到高质量的变异,他们尝试了30多种组合,两三个参数一组,不断调试,直到合作双方都满意为止。
“因为菜豆种质材料的特殊性,目前还没有该材料的遗传转化体系进行性状关联位点的验证,客观上要求从更多的科研角度来分析和挖掘数据,为找到的位点增加说服力。为此,邢世来及团队根据经验,查阅相关文献,提出了群体进化的数据分析角度与思路,使得分析结果与性状关联分析的结果相得益彰,为整个项目增加了研究的深度和广度。
数据分析持续了一年多的时间,基于这些分析数据,客户的科研项目取得了突破性进展。该研究成果在国际著名期刊Nature Genetics上发表,贝瑞的研究人员邢世来和张海宽也以作者身份在文章中署名。


因为专业,贝瑞的科技服务在学术界建立了良好口碑,也赢得了越来越多的客户信任。

目前,贝瑞基因已协助多领域科学家在Nature、Science、Cell、Nature Genetics等国际著名期刊上发表文章100余篇,影响因子累计超过1000。

“希望能在贝瑞基因领先的平台上,为中国的科研出一份力。”邢世来淡淡地说。贝瑞培养了一个优秀且年轻的科技服务团队,展现在他们面前的是中国基因测序行业的无限发展空间,以及将先进的平台和技术应用于更广泛的学术研究,推动生命科学快速发展的责任。