转录调控

通过高通量测序获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本序列信息,广泛应用于动植物研究、基础研究和临床诊断等领域。

真核转录组(有参/无参)

能够获得某一物种特定组织或细胞在某一状态下转录的所有mRNA序列信息,分析基因表达水平、差异表达基因、可变剪切、基因融合、基因结构优化、SNP、SSR和预测新转录本等。

全长转录组(有参/无参)

基于PacBio单分子实时测序技术,直接获得从5’末端到3’PolyA尾的高质量全长转录本序列,从而对同源异构体、可变剪接、融合基因、同源基因等进行精确分析。

Small RNA测序

基于高通量测序,可以发掘、鉴定和定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱、挖掘新的miRNA分子、预测靶基因、鉴定样品间差异表达分析。

LncRNA测序

通过高通量测序技术结合生物信息学方法在整体水平上揭示样品中lncRNA及mRNA的全面信息。

全转录组测序

应用转录组技术,构建两种文库(small RNA文库和去rRNA的链特异性文库),对四种RNA(miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA)的表达及调控关系进行分析。

全基因组甲基化测序

采用亚硫酸氢盐处理基因组DNA使未甲基化修饰的胞嘧啶C转化为尿嘧啶U,通过对处理后的DNA进行全基因组重测序,并与参考基因组进行比对,从基因组水平实现单碱基分辨率的、高精确度甲基化水平分析。

文章案例

已知和新的ARID1A与胃癌无进展生存期的关系

Iso-Seq揭示胃癌分子亚型的转录本复杂性

 

新加坡国立大学杜克医学院的研究者结合lso-Seq和RNA-seq测序方法,以全面探究胃癌(Gastric Cancer,GC)分子亚型中转录本的复杂性。研究者对10个GC细胞系(包含四个主要的分子亚型)进行Iso-Seq测序,共鉴定出60,239个非冗余全长转录本,其中66%转录本是新发现的,研究发现新转录本普遍表达水平较低,外显子数量较多,具有较长的编码序列长度,且大多数新转录本都发生了可变启动子事件。临床研究表明可变启动子的使用与患者的无进展生存期相关。该研究为GC和其他胃肠道恶性肿瘤的深入研究提供了丰富的全长转录组数据资源。

参考文献:Huang Kie Kyon, Huang Jiawen, Wu Jeanie Kar Leng et al. Long-read transcriptome sequencing reveals abundant promoter diversity in distinct molecular subtypes of gastric cancer[J]. Genome Biol, 2021, 22: 44.