琥珀中不含有昆虫DNA 侏罗纪公园无法再现

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英国曼彻斯特大学的研究人员近日在《PLOS One》上发表文章称,被困在琥珀前体中的昆虫不含有内源DNA。这一发现与之前的观点相悖。过去,人们声称可成功提取出DNA,并有望再造灭绝的动物。

在上世纪90年代,研究表明琥珀标本中的DNA可通过PCR而扩增,这一观点激发了许多人的想象。著名的科幻电影《侏罗纪公园》也由此产生。剧中科学家们利用琥珀中吸食恐龙血液的蚊子,最终克隆出恐龙,并建造一个侏罗纪公园。

然而,最近的研究对早期的成果提出了质疑,认为实际扩增出来的只是现代DNA污染物。

在这项研究中,曼彻斯特大学的Terry Brown教授及其同事转向新一代测序(NGS)技术,尝试检测昆虫标本中的DNA,他们认为这种方法受现代污染物的影响较小。

Brown谈道:“PCR将优先扩增现代、完好的DNA分子,而这些分子可能污染了部分降解的古代DNA分子,带来假阳性结果。我们的新一代测序方法则适合古代DNA,因为它提供了所有DNA分子的序列,而无论多长,它也不太可能偏向现代分子。”

为了了解这种昆虫标本中是否含有DNA,Brown及其同事研究了两个无刺的蜜蜂(Trigonisca ameliae),它们包裹在柯巴脂(copal)中,即琥珀的前体。一个样本约为60年,而另一个约为10,600年。

研究人员从树脂中取出样本,并进行测序的样本制备。每个样本都采用了非破坏性和破坏性的制备方法。之后,他们利用罗氏454的GS Junior系统进行了测序。

研究人员称,所有样本的read数量都很低。对于时间较近的标本,非破坏性制备方法产生了30个reads,平均读长为50个核苷酸,而破坏性制备方法产生了460个reads,平均读长为100个核苷酸。

Brown及其同事在数据库中搜索了这些reads,只找到有限的hits。对于时间较近的标本,非破坏性方法有2个,而破坏性方法有8个,但无一与无刺蜂相关。而来自时间久远标本的reads则似乎都是假象。

研究人员表示:“我们无法获得任何有说服力的证据,说明我们研究的这两个柯巴脂中保留了内源DNA。”

他们认为,阴性结果也不能完全归咎于技术的缺乏,因为他们已经从人体骨骼中成功分离并测序了古老的结核分枝杆菌DNA,以及考古植物样本中的DNA。同时也不能归咎于他们的提取和制备方法,因为这些方法已用于风干标本的DNA分离。

他们的结论是,无法获得序列reads是因为柯巴脂标本中不含有保存下来的DNA。文章的第一作者David Penney指出,“不幸的是,侏罗纪公园的场景只能停留在小说里”。