贝瑞和康大数据项目初战告捷 建成全球最大妇科肿瘤基因组数据库

来源:健康界

基因组大数据的重大意义开始凸显,贝瑞和康与阿里云合作开展的“神州基因组数据云”项目取得的阶段性成果,便已经收效显著。

9月23日,在第十九届全国临床肿瘤学大会暨CSCO学术年会上,北京贝瑞和康生物技术股份有限公司(以下简称“贝瑞和康”)公布了在生物信息分析领域和大数据建设方面做出的重要成果。

贝瑞和康是一家专注于将高通量测序技术转化为临床项目的高新技术企业,在为临床提供全方位基因测序服务的同时,不断以前瞻性的视角进行产品研发,Verita Trekker®变异位点检测系统和Enliven®变异位点注释系统正是贝瑞和康多年来在生物信息分析领域的成果结晶。贝瑞和康将不断使这些核心技术转化为临床实用工具,助力中国分子医学和精准医疗的全面发展。

 

初战告捷妇科肿瘤领域

在CSCO学术年会上,贝瑞和康公布的重要成果包括与北京大学肿瘤医院解云涛教授合作的“中国人遗传性乳腺癌基因突变图谱项目”,以及中国40万人基因组大数据项目在临床应用层面上所取得的阶段性成果,结果显示中国人乳腺癌基因突变和其他人种相比具有显著性差异。

事实上,应用高通量测序技术进行肿瘤基因检测已经成为肿瘤诊疗领域的重要发展方向,越来越多的临床医生和患者选择在基因层面上解读疾病本质并选择个体化的诊疗方案。这意味着,越来越多的检测样本需要依赖高效可靠的数据库和数据分析系统以获得精准的报告解读,同时又有越来越多的数据累积起来挑战现有的基因组数据计算和分析能力。对此,贝瑞和康开发出在基因数据分析领域的两大核心技术——Verita Trekker®变异位点检测系统和Enliven®变异位点注释系统。通过对变异位点信息的准确抓取和注释,出具可靠的医学检测报告。除了国际基因组数据库信息,贝瑞和康自建的40万人中国人基因组数据库是其中重要支撑。

贝瑞和康CIO于福利教授介绍称,上述阶段性成果只是40万人大数据的项目做出来的。未来公司会做新的迭代,做到100万人、200万人,跟科研人员、医生、产业界一起搞合作,公司的技术可以支撑这项研究达到更高的目标。

此次,于福利教授展示了Verita Trekker和Enliven在遗传性乳腺癌基因数据分析及解读方面的阶段性成果。采用Enliven变异位点注释系统对美国国家卫生研究院的相关项目中的BRCA1、BRCA2基因的2152个位点进行注释,将注释结果与以往报告结果对比,PPV(阳性预测值)达到99.3%,充分验证了Enliven注释和解读能力的准确性。在此基础上,贝瑞和康将自建的中国人基因组数据库与万例妇科肿瘤患者的基因数据进行整合,建设成为全球最大的妇科肿瘤基因组数据库。

“我们依据国际注释和解读的标准来建设贝瑞和康的大数据体系,并且数据库建设和发掘工作已经迈出重要一步。大家已经能够看到整个体系如何分析数据、如何解读数据、如何为临床服务,这是贝瑞和康大数据体系落地的重要一环。”于福利教授表示,“未来我们的计划是实现智能化的结果判读。可以想象,一份样本的下机数据通过计算工具的智能化分析,直接生成可靠的报告,这都有赖于我们现在正在构建的大数据库平台和应用系统”。

 

提升肿瘤基因检测效率

贝瑞和康建成的全球最大的妇科肿瘤基因组数据库有着怎样的意义呢?

1990年,研究者发现了一种直接与遗传乳腺癌有关的基因,命名为乳腺癌1号基因,即BRCA1。这个基因有抑制肿瘤形成的作用,当这个基因发生突变后,突变基因携带者患乳腺癌的可能性大大增加。

好莱坞知名女星安吉丽娜·朱莉于2013年5月14日对外公布,通过乳腺癌易感基因检测发现,她从母亲那遗传了突变的癌症易感基因BRCA1,患乳腺癌的几率高达87%。为预防乳腺癌,她进行了预防性双侧乳腺切除手术,术后她患乳腺癌的概率将从87%降到5%。

安吉丽娜·朱莉通过基因检测提前预知乳腺癌和卵巢癌,并切除双侧乳腺和卵巢,一时间让全世界都知道了“BRCA基因检测”这个名词。BRCA基因检测成为白领女性保卫乳房的最佳武器。

据了解,美国、欧洲已经建立了乳腺癌突变基因数据库,可以分析和预测基因突变女性患两种癌症的几率。“50岁患乳腺癌的几率有多少,70岁患乳腺癌的几率又有多少,都可以预测。”

安吉丽娜·朱莉给中国肿瘤基因检测市场也带来了明星效应,去年曾有媒体报道二胎妈妈赴美国做乳腺癌基因检测,结果证实自己患有乳腺癌。

不过去美国做检测,光检测费用就要3000~5000美元,即使能负担得起这笔费用,还存在一个问题:乳腺癌相关基因的突变频率和位点分布,中国人群异于欧美人群,即使费用不是问题,检测结果是否准确也存在疑问。

另一个值得注意的现象是,近年来亚洲的乳腺癌发病率在迅速上升,并有年轻化的趋势。我国乳腺癌的发病率近年不断增高。相比于欧美国家,中国乳腺癌患者的患癌年龄普遍提前10年左右,并且更多比例的患者发病早于40岁。然而,欧美人群中常见的一些与乳腺癌相关的致病基因如BRCA1/2等在中国人群中的突变频率却很低或接近为零。这表明,中国人群可能存在某些特定的乳腺癌遗传易感因素,亟待研究。

 

审慎对待乳腺切除

欧美与亚洲乳腺癌发病率的高与低是相对的。

“根据过去半年的数据,以及发表过的文章,包括今年做了5931例的BRCA基因检测,发现中国人的基因突变频率在某些乳腺癌患者中,比如家族性乳腺癌、三阴性乳腺癌,其突变率还是很高的,但亚裔人群还是不同于欧美人群。亚裔人群BRCA2的突变频率更高于BRCA1,欧美人群BRCA1的突变频率高过BRCA2。另外一个方面,突变位点,包括重复突变,也不同于欧美人群。”解云涛表示。

解云涛教授认为,安吉丽娜朱莉是个美国人,美国的试验数据是否能用到中国人群,需要采取慎重的态度,而是否做基因检测以及预防性乳腺切除,也需要视情况而定。

而对于中国健康女性携带BRCA1、BRCA2突变基因,是否需要行预防性乳房切除,解云涛认为还是比较要谨慎而为。首先患者有知情同意权,必须要告知患者获益或潜在的风险等其他问题,其中还包括社会问题,比如对于切除乳房,进行乳房重建,中国女性的接受程度和认可度,同时还需要考虑家族史。

遗憾的是,欧美数据库收入的主要是欧美种人,亚洲人种收入数量样本较小。浙医二院肿瘤科副主任陈益定教授曾表示,据不完全统计,美国检测机构使用的乳腺癌突变基因库中,来自亚裔的样本不超过6万多例,不够准确。

相比于6万亚裔人的基因库,贝瑞和康自建的40万人中国人基因组数据库显然庞大许多。此外,贝瑞和康与解云涛教授合作的“中国人遗传性乳腺癌基因突变图谱项目”,以及中国40万人基因组大数据项目在临床应用层面上所取得的阶段性成果,都表明中国人的癌症突变基因与欧美之间有显著差异,这一成果也为中国基因检测在国内临床检测领域提供了可靠的数据支撑。

 

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