贝瑞和康成为国内首家HiSeq 2500 RM V2 Kit升级订单下单公司

北京贝瑞和康生物技术有限公司已于2014年10月28日向Illumina公司正式提交了HiSeq2500RM V2 kit订单,成为国内首家v2升级订单下单公司。

HiSeq 2500测序平台使用HiSeq Rapid v2试剂盒使得测序长度能达到双端250bp,可在60小时内产生300G数据。测序读长的增加可以使科研人员更准确的鉴定基因融合,更好地处理复杂的宏基因组或从头组装问题,大大的提高物种鉴定的可信度。

随着HiSeq Rapid v2试剂盒的使用,贝瑞和康也将扩增HiSeq 2500测序平台的应用范围,在农业基因组、微生物基因组、癌症基因组以及一些其他领域为广大科研人员提供更多的新产品。

HiSeq Rapid v2试剂盒预计会在下个月投入使用,denovo测序、重测序、宏基因组测序、细菌多样性测序等服务也将全面升级。

贝瑞和康完成首批HiSeq 250PE生产测试数据

随着测序技术的发展,低成本、大数据、长读长已然成为测序领域对测序数据要求的发展趋势。那么问题来了,测序读长的增加数据质量如何呢?

​贝瑞和康针对Illumina Hiseq Rapid V2 SBS试剂盒,率先推出的250PE测序模式,现已完成首批生产测试数据。生产测试数据主要针对多个物种(包括动物、植物和微生物)的重测序文库以及16S和ITS文库进行了测试。测序数据量Raw Data:80Gb/lane,Clean Data:75Gb/lane,Q30>83%,符合Illumina官方承诺的数据量和质量。优质的数据质量为科研用户处理复杂的Denovo测序和较大物种的重测序提供保障。

后续随着数据的不断积累,贝瑞会致力于对长度长数据的不断优化,为您提供持续领先、优秀的测序服务。

表1测试样本数据质控

Sample name Raw reads Clean bases Raw Q30 (%)
S1 160,356,427 74,787,607,000 92.03;84.67
S2 160,186,201 75,021,829,500 91.70;83.52

250测序数据图

图为HiSeq 250PE在仪器上的实际测序质量表现

贝瑞和康样品建库起始总量整体下调

用心才能创新、竞争才能进步!

贝瑞和康不断创新,超越自我,2015年,测序文库样品起始总量整体下调。以最少的样品需求提供最优的测序服务,解决客户因样品量少而带来的实验困扰。

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De novo测序样品建库总量由原来的4ug降为3ug;

全基因组甲基化测序样品建库总量由原来的8ug降为6ug;

Mate pair2K/3K/5K样品建库总量由原来的10ug降为8u。g

热烈祝贺贝瑞和康客户在PNAS上发表文章

——Unveiling themechanism by which microsporidian parasites prevent locust swarm behavior

热烈祝贺中国农大石旺鹏教授课题组使用我公司高通量测序平台在PNAS上发表题为“Unveilingthe mechanism by which microsporidian parasites prevent locust swarm behavior”的文章。石旺鹏课题组经过10多年的持续不懈探索和积累,在飞蝗病理行为学研究领域取得了突破性进展。

蝗虫以群集行为迁移而臭名昭著,这种群集行为对粮食安全造成威胁。聚集是通过视觉、触觉和化学刺激相互作用引起的,但是聚集信息素在粪便中是特别重要的。

该文章研究发现,蝗虫微孢子能够显著抑制飞蝗的群集行为并且可诱导群居行为的飞蝗向散居行为转变。研究还发现,蝗虫微孢子可以调节飞蝗的免疫反应和飞蝗后肠环境,从而抑制了产生聚集信息素的飞蝗肠道细菌的生长,相应地又降低了诱发飞蝗聚集行为的神经递质血清素的产生。暴露于病虫气味环境条件下的健康飞蝗的血清素也出现明显下降,群集程度减弱。蝗虫微孢子病原同时也抑制了保持飞蝗群集行为的神经递质多巴胺的生物合成。研究成果揭示了蝗虫微孢子干扰飞蝗化学信息素产生和阻止飞蝗群集行为发生的机制。

PNAS的影响因子为9.737,在SCI综合科学类排名第三位,因而已成为全球科研人员不可缺少的科研资料。该文章的测序部分在贝瑞和康完成,仅用了15天,数据质量非常好,客户也非常满意。贝瑞将会继续努力,应用稳定的平台和专业的服务为更多科研工作者服务,协助发表更多更高影响因子的文章。

热烈祝贺贝瑞和康客户在The Plant Cell上发表文章

——-GlobalDissection of Alternative Splicing in Paleopolyploid Soybean

热烈祝贺我公司客户使用我公司的高通量测序平台在The Plant Cell上发表题为“Global Dissection ofAlternative Splicing in Paleopolyploid Soybean”的文章。该文章是贝瑞和康客户继水稻文章发表后又一篇在The Plant Cell上发表的文章。

可变剪切在真核生物中普遍存在,并在基因后转录调节中起着重要的作用。本文通过对大豆不同发育阶段的28个样本进行转录组测序,鉴定整个基因组的可变剪切事件。发现了大于63%的多外显子基因经历了可变剪切。在相同组织类型中,可变剪切事件发生在未成熟发育阶段比成熟发育阶段多,有四种主要的可变剪切类型,外显子跳跃,内含子包含,选择性供体位点,选择性受体位点,表现出不同的特点。全球计算分析表明可变剪切的变异频率和类型与基因特点的改变以及转录水平显著相关。进一步调查表明可变剪切在整个基因组的重复基因中减少是由于内含子长度、外显子数量和转录组水平减少的原因。该文章还揭示了在大豆基因组中大量的基因是可变剪切的并且基因结构变异和转录水平可能对调节可变剪切起重要作用。

Plant Cell与PlantPhysiology、PlantJournal(PlantJ)为植物学领域三大权威的专业期刊,影响因子为8.987。客户对贝瑞的工作非常满意,所有的测序都在贝瑞完成,贝瑞将会继续努力,应用稳定的平台和专业的服务为更多科研工作者服务,协助发表更多更高影响因子的文章。

热烈祝贺贝瑞和康客户在BMC Plant Biology上发表文章

—–Genome-wide characterization of microRNA in foxtail millet (Setariaitalica)

热烈祝贺中国农业大学于静娟教授使用贝瑞和康的高通量测序平台在BMCPlant Biology上发表题为“Genome-wide characterization ofmicroRNA in foxtail millet (Setaria italica)”的文章。该文章使用降解组,转录组,小RNA三个方法,进行了谷子相应的联合分析,引领了谷子研究的潮流。

文章通过对谷子的幼苗进行小RNA测序,鉴定出43个已知的miRNAs,172个新miRNAs和2个mirtron前体候选基因。谷子潜在的miRNA靶基因,79%在InterPro和GO分析中进行了功能注释,表明miRNA的靶基因参与了广泛的调节作用和某些特定的生物进程。共有69对合成的miRNA前体在谷子和高粱中具有保守性。

客户对贝瑞的工作非常满意,贝瑞将会继续努力,应用稳定的平台和专业的服务为更多科研工作者服务,协助发表更多更高影响因子的文章。

热烈祝贺贝瑞和康技术人员发表文章

热烈祝贺贝瑞和康技术人员已发表5篇文章,文章中用到的实验方法是贝瑞独创的,以及信息分析也是用贝瑞研发的mapping软件和独创的算法进行分析的。这是贝瑞和康技术实力的体现。

贝瑞和康提供优质的测序服务(如:转录组测序、重测序、低量DNA/RNA测序等),让客户精力从繁复的实验过程中转移到真正的科学问题上来。

发表文章如下:

1.   Wang Y, Zhu J, Lu S, Chen B, Zhao X, Wu Y,Han X, Ma D, Liu Z, Cram D, Cheng W. Two cases of placental T21 mosaicism: challenging the detection limitsof non-invasive prenatal testing. Prenatal Diagnosis 2013;33:1207-10. IF = 2.683

2.   Wang Y, Chen Y, Tian F, Zhang J, Song Z,Wu Y, Han X, Hu W, Ma D, Cram D, Cheng W. Maternalmosaicism is a significant contributor to discordant sex chromosomalaneuploidies associated with noninvasive prenatal testing. Clin Chem 2014;60:251-9. IF = 7.905

3.   Wang L, Wang X, Zhang J, Song Z, Wang S, Gao Y, Wang J, Luo Y, NiuZ, Yue X,Xu G, Cram DS, Yao Y. Detection ofchromosomal aneuploidy in human pre-implantation embryos by next generationsequencing. Biology of Reproduction. In press. IF = 4.027

4.   Chen C, Cram DS, Xie F, Wang P, Xu X, Li H,Song Z, Chen D, Zhang J,Tang S. A pregnancy with discordant fetal and placental chromosome 18aneuploidies revealed by non-invasive prenatal diagnosis ReproductiveBioMedicine Online. In press. IF = 2.675

5.   Wang T, Mao J, Liu M, Choy K, Li H, Cram DS, Li H, Chen Y. Apatient with five chromsome rearrangements and a 2q31.1 microdeletion. ClinicaChimica Acta. In press. IF = 2.85

热烈祝贺我公司客户在The Plant Cell上发表文章

热烈祝贺我公司客户使用我公司的高通量测序平台在The Plant Cell上发表题为“Genome-WideBinding Analysis of the Transcription Activator IDEAL PLANT ARCHITECTURE1Reveals a Complex Network Regulating Rice Plant Architecture”的文章。

IPA1基因是调节水稻(Oryza sativa)大幅提高产量的关键。本文为了阐明其分子基础,通过染色质免疫沉淀测序检测相关基因,证实了IPA1是一个功能转录激活因子,并确定1067和2185基因分别在茎尖和幼穗与IPA1结合位点相关。通过对水稻进行RNA测序,发现了一个以前未知的间接结合基序TGGGCC/ T。另外,研究结果还表明,IPA1对分蘖芽生长起负调控作用,抑制水稻分蘖,是一个调节穗结构的重要基因,影响株高和穗长。对IPA1基因组范围内靶基因的阐明将有助于理解植物结构的分子机制和促进理想株型和优良品种的繁育。

Plant Cell与PlantPhysiology、Plant Journal(Plant J)为植物学领域三大权威的专业期刊,影响因子为8.987。客户对贝瑞的工作非常满意,该文后期修改的关键实验在贝瑞完成,当时文章投稿要求时间很短,贝瑞以熟练的测序经验仅用了7天完成了相关测序和分析,圆满的完成了客户的希望。贝瑞将会继续努力,应用稳定的平台和专业的服务为更多科研工作者服务,协助发表更多更高影响因子的文章。

热烈祝贺我公司客户在PNAS上发表文章

 Dicer-like 3 producestransposable element-associated 24-nt siRNAs that control agricultural traitsin rice

热烈祝贺曹晓风课题组使用我公司的高通量测序平台在PNAS上发表题为“Dicer-like 3 producestransposable element-associated 24-nt siRNAs that control agricultural traitsin rice”的文章,并在表观遗传调控水稻重要农艺性状方面取得新进展。该研究得到了国家重点基础研究计划973、转基因专项和国家自然科学基金委项目的资助。

PNAS的影响因子为9.737,在SCI综合科学类排名第三位,因而已成为全球科研人员不可缺少的科研资料。

该文章通过对水稻进行小RNA测序,揭示了依赖OsDCL3a酶的24-nt小分子RNA主要通过调控转座子旁临基因的表达进而对水稻重要农艺性状精细调控。研究人员发现,水稻OsDCL3a RNAi株系表现出株高降低、叶夹角变大以及穗长变短的多效发育表型。依赖OsDCL3a的24-nt小分子RNA主要来源于水稻基因组上的重复序列,特别是MITE类转座子位点。这些24-nt小分子RNA通过介导H3K9me2等异染色质修饰调控旁邻基因的表达,其中包括多个调节赤霉素和油菜素内酯平衡的关键基因。这些基因在水稻株高和叶夹角等重要农艺形状的形态建成中发挥重要作用。该工作揭示了24-nt小分子RNA调控水稻基因组中的MITE类转座子及其附近基因表达的表观遗传调控基础。MITE类转座子在动、植物中广泛存在,该机制很可能不仅在水稻、玉米等农作物中是保守的,还可能为肿瘤发生等研究提供重要线索。

贝瑞和康协助中国科学院完成大豆驯化基因解析

文章简介

中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组使用贝瑞和康重测序技术平台发表题为“Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean”的文章。该研究结果于2015年2月3日在线发表于 《Nature Biotechnology》 (2014年IF:39.1) 杂志(doi:10.1038/nbt.3096)。

研究背景

大豆是人类和动物油脂和蛋白质的主要来源,现代栽培大豆大约在5000年前由其近亲野生大豆驯化,继而进一步选育而成。鉴定大豆基因组中受驯化和改良的基因对指导大豆育种具有重要意义。

研究方法

材料:来自3类种质品系的总计302例代表性大豆样本

测序平台:HiSeq2000

测序模式:100PE

测序深度:≥11X

研究结果

  1. 大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低,暗示大豆具有明显的选择瓶颈效应。
  2. 利用XP-CLR方法在驯化阶段(野生大豆 —> 农家种)鉴定出121个强选择信号,在品种改良阶段(农家种 —> 栽培品种)鉴定出109个强选择信号。
  3. 对种子大小、种皮颜色、生长习性、油含量等性状做了全基因组关联(GWAS)分析,找出一系列显著关联位点。
  4. 把选择信号、GWAS信号以及前人研究的油含量QTLs相整合,发现很多选择信号和油相关的性状有关,说明大豆产油性状受人工选择较多,形成复杂的网络系统共同调控油的代谢,从而引起不同种质油相关性状的变异。
  5. 研究还定位了一些重要农艺性状的调控位点,并且明确了一些基因在区域化选择中的作用,例如控制花周期的E1,控制生长习性的Dt1,控制绒毛颜色的T 等。这为大豆重要农艺性状调控网络的研究奠定了重要基础。

贝瑞和康会继续不断创新,整合新一代测序技术优势和科研技术服务的市场需求,依托自主研发的技术平台,以过硬的数据质量为根本,不断优化,为科研工作者提供持续领先、优秀的测序服务,助力科研工作者发表更多更高影响因子的文章!