3-3 PacBio大片段结构变异检测-标题图基因组结构变异(Structure Variation, SV)是基因组中序列变化超过50个碱基的变异总称。当前,三代单分子测序技术日益成熟,PacBio Sequel平均读长8-12kb,并且无GC偏向性,有效弥补了二代测序技术对串联重复序列、高GC序列及大片段结构变异区域的检测能力有限、难以全方位捕捉基因组变化等不足之处,可获得跨度更大的基因组视图,为各种类型的大片段结构变异检测带来新的机遇。

小标题-产品优势-中
PacBio Sequel最长读长可达40-70kb,超长读长可以轻松覆盖高重复、高杂合区域,为大片段的结构变异检测提供可能。
贝瑞基因新研发的变异检测技术最低只需10x的覆盖度,同时使用通量更高的Sequel平台,有效降低了测序成本。
结合二代和三代测序技术的SV检测,不同技术间优势互补提高结果准确率,更有效地挖掘致病变异及致病基因。

小标题-技术路线-中

3-3 PacBio大片段结构变异检测-信息分析-附图1

小标题-样品要求-中

图标-NGS紫-样品-小
gDNA
PacBio:总量≥7μg,浓度≥70 ng/μl;
Illumina:总量≥1.5μg,浓度≥20 ng/μl

图标-NGS紫-文库-小
文库
PacBio:20kb
Illumina:350bp

图标-NGS紫-测序-小
PacBio Sequel:≥10X
Illumina HiSeq:≥40X

小标题-案例分析-中
PacBio三代测序检出致病SV发生位点及所在基因PRAKR1A

斯坦福大学发表的关于Carney综合征研究的文章,研究者首先使用Illumina HiSeq平台进行结构变异检测,平均测序深度36X,但分析没有检测出任何可以解释患者临床表征的遗传变异。然后研究人员通过PacBio Sequel平台进行低深度全基因组测序,分析显示在PRKAR1A基因第一个外显子中包含2184bp的杂合性缺失突变,并通过Sanger测序进行了验证,表明PacBio平台可以精确检测出二代测序不能检测的缺失断裂点。

3-3 大片段结构变异检测-案例分析-附图

利用三代测序检出致病SV发生位点及所在基因PRAKR1A

Merker, J. D., Wenger, A. M., Sneddon, T., Grove, M., Zappala, Z., Fresard, L., … & Montgomery, S. B. (2018). Long-read genome sequencing identifies causal structural variation in a Mendelian disease. Genetics in Medicine20(1), 159.