lncRNA-Seq长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度超过200nt的长链非编码RNA(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内,在表观遗传、转录和转录后等多种水平上进行关键性调控。lncRNA测序通过高通量测序技术结合生物信息学方法在整体水平上揭示样品中lncRNA及mRNA的全面信息。在鉴定已知lncRNA的同时,可全面挖掘与疾病相关的新型lncRNA,并对其在早期发生发展的调节作用进行结构特征和功能分析。并与特定生物学现象联系起来,可研究正常细胞或组织与病理样品中非编码RNA的差别和调控作用,揭示与之相关的遗传特性或疾病机理。

小标题-产品优势-中
一次性获得样本中几乎全部lncRNA信;
验证已知lncRNA,预测novel lncRNA;
去rRNA建库方法,关联分析lncRNA与mRNA。

小标题-信息分析-中

lncRNA分析 lncRNA与mRNA联合分析 mRNA分析
已知lncRNA对比分析 长度、ORF、exon比较 SNP、可变剪接分析
新预测lncRNA筛选 序列保守性分析 新基因分析
lncRNA表达定量分析 位点保守性分析 基因表达定量分析
lncRNA差异表达分析 共表达网络分析 差异表达基因筛选
lncRNA靶基因预测分析 差异lncRNA-mRNA调控网络分析 差异表达基因功能分析

小标题-样品要求-中

图标-NGS紫-样品-小
Total RNA
总量≥3μg
浓度≥100 ng/μl
RIN值≥7.0

图标-NGS紫-文库-小
文库
插入片段280bp

图标-NGS紫-测序-小
PE150
12~24Gb

小标题-案例分析-中
RNA测序在肝内胆管癌组织中长链非编码RNA和mRNA共表达谱的全基因组分析

在基因组中广泛转录的长的非编码RNA(lncRNA)正在分子生物学中成为癌症的关键调节剂。研究人员收集7对肝内胆管癌(iCCA)和相邻正常组织进行RNA测序,研究lncRNA和mRNA的表达差异。在ICCA组织中,相对于正常组织有230个lncRNA差异表达提高了4倍,其中97个上调,133个下调。此外,169个lncRNA和597个mRNA形成了由766个网络节点和769个连接边缘组成的lncRNA-mRNA共表达网络。生物信息学分析发现这些失调的lncRNAs与胆固醇稳态、不溶性分子和脂质结合活性有关,并且在补体和凝血级联以及PPAR信号通路中富集。

2-5-4 lncRNA-Seq-案例分析-附图2

预测ICCA中的lncRNA和mRNA共表达网络

Yang W, Li Y, Song X, et al., Genome-wide analysis of long noncoding RNA and mRNA co-expression profile in intrahepatic cholangiocarcinoma tissue by RNA sequencing.Oncotarget, 2017,8(16):26591-26599.