真核无参转录组测序无参考基因组的真核生物转录组测序,是获得真核生物特定组织或细胞在某一状态下转录出来的RNA的原始测序数据,质控后进行组装获得unigene,并以此为参考序列进行后续的功能注释、SNP、SSR标记开发等分析,以及多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等,发现新的功能基因,为进一步研究提供技术支撑。

小标题-产品优势-中
可检测未知基因,发现新的转录本;
国际认可软件组装和注释,全方位分析基因表达水平和结构信息;
无需了解物种的基因或基因组信息,便可直接对任意物种进行全面的转录组分析。

小标题-技术路线-中
2-5-1 真核无参转录组测序-信息分析-附图1
真核无参基因组测序信息分析流程

小标题-样品要求-中

图标-NGS紫-样品-小
RNA
总量≥2μg
浓度≥100 ng/μl
RIN值≥7.0

图标-NGS紫-文库-小
文库
280bp插入片段

图标-NGS紫-测序-小
PE150
测序数据量≥15 Gb/样本

小标题-案例分析-中
二代转录组数据用于研究感染呼肠孤病毒的草鱼的免疫机制

草鱼(Ctenopharyngodon idella)是中国经济上重要的淡水鱼之一。然而,草鱼呼肠孤病毒(GCRV)引起的出血性疾病导致了草鱼养殖过程中的巨大损失。转录组分析可以全面了解草鱼呼肠孤病毒抗性的具体生物学过程和疾病的分子机制。
研究人员利用草鱼呼肠孤病毒(GCRV)对草鱼进行感染,对病毒感染前后头、肾、脾脏组织进行转录组测序。将四个文库(SS1, SR2, KS3,和KR4)组装的转录组进行mapping。用Trinity软件进行预测,有54,609个unisequences (53.6%)为蛋白编码基因,进一步对转录组reads进行GO分类和注释。对免疫相关的基因进行表达分析来研究GCRV感染草鱼后草鱼的免疫反应,共筛选出128个与免疫相关的基因。结果表明,先天免疫相关基因在脾脏中平均水平较高,说明脾脏中的免疫反应比肾脏中更强烈。同时,分析表明有11811个unigenes (21.4%)有多个转录本,最少2个最多89个,这可能因为发生了选择性剪接造成的。

2-5-1 真核无参转录组测序-案例分析-附图

a:含多个转录本的unigenes所占的比例;

b: GCRV感染各个样品后表达变化转录本的维恩图

Quanyuan Wan, Jianguo Su. Transcriptome analysis provides insights into the regulatory function of alternative splicing in antiviral immunity in grass carp (Ctenopharyngodon idella). SCIENTIFIC REPORTS. 5, 12946; doi: 10.1038/srep12946 (2015).