全转录组测序全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本的总和,包括mRNA和所有的non-coding RNA。全转录组测序应用RNA-Seq技术,通过构建两种文库(small RNA文库和去rRNA的链特异性文库),对四种RNA(miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA)的表达及调控关系进行分析。

小标题-产品优势-中
同时分析miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA四种RNA的表达及调控关系;
验证已知lncRNA,预测novel lncRNA;
鉴定已知circRNA的同时,预测新的circRNA及其靶标。

小标题-技术路线-中
2-5-2 全转录组测序(二代)-信息分析-附图1

小标题-样品要求-中

图标-NGS紫-样品-小
Total RNA
总量≥12μg
浓度≥200 ng/μl
RIN值≥7.0

图标-NGS紫-文库-小
文库:
小RNA文库
去rRNA的链特异性文库

图标-NGS紫-测序-小
SE50/PE150
测序深度≥6Gb/样本

小标题-案例分析-中
RNA-Seq与small RNA-Seq全转录组分析发现与癌症相关的miRNA-mRNA相互作用的标记

为了鉴定可能在基本癌症途径中保守的miRNA-mRNA相互作用的标记,研究人员进行了转录组数据的综合分析,共分析了来自国际癌症和肿瘤基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的18605个原始转录组样品,覆盖了15种常见人类肿瘤。在确认已知与癌症相关miRNA靶标的同时,更从miRNA家族中鉴定出新的潜在靶点,并且分析了这些基因在生存预后方面的表型结果,将为癌症治疗提供新的方法。

2-5-2 全转录组测序(二代)-案例分析-附图1-小

在每种肿瘤类型中差异表达的基因和miRNA的数量(过表达和抑制)

2-5-2 全转录组测序(二代)-案例分析-附图2-小

各种肿瘤类型差异表达基因的通路富集分析

蓝色:正向富集,红色:负向富集(与预期相比更多或更少的改变)

E Andrésleón, I Cases, S Alonso,et al., Novel miRNA-mRNA interactions conserved in essential cancer pathways. Scientific Reports, 2017,7:46101