染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等研究。整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq,是采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段,对其进行纯化和文库构建,再通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息,广泛应用于表观遗传、转录调控、肿瘤研究领域。

小标题-产品优势-中
全基因组覆盖:与ChIP-chip相比,ChIP-Seq可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定;
高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点;
高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点;
高性价比:仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点。

小标题-信息分析-中

原始数据的过滤及质控 测序数据过滤,去除接头、污染序列和低质量reads
Clean reads数据量、测序质量统计
与参考基因组比对分析 统计与参考基因组的比对信息
基本分析 Reads在基因及其上下游2Kb区域的深度分布统计分析
全基因组Peak检测 Peak相关信息的统计(峰数目、峰宽度、平均峰宽、峰深度、峰平均深度、峰宽度占基因组比例)
Peak区域reads覆盖度及深度分析
Peak注释分析 Peak区域的基因筛选与功能注释
Peak在基因功能区域的分布情况统计(Exon、Intron、Intergenic、Up2Kb、Down2Kb区域)
Peak峰图的IGV可视化展示
Peaks中Motif特征识别分析
多样本间Peak差异分析
差异Peak相关基因的注释
高级分析 ChIP-Seq与RNA-seq关联分析
不同表达水平的基因在TSS附近区域的reads富集程度

小标题-样品要求-中

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ChIP-DNA
常规建库:总量≥30ng,浓度≥2ng/μl
超低量建库:总量≥2ng,浓度≥0.5ng/μl
大片段建库:总量≥10ng,浓度≥0.5ng/μl

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200-500bp文库

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PE150测序
测序深度≥30X

小标题-案例分析-中
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)对人类胚胎脑、心和肝的表观学遗传学的研究

为了更好地理解早起人类胚胎发育过程中的调控机制,有必要分析这些重要的表观遗传标记在不同的人类胚胎组织基因组中的分布。研究人员从三个有代表性的器官中分离三个胚层组织(脑、心、肝),从人类胚胎怀孕12周开始,利用ChIP-Seq方法系统低分析了表观遗传标记H3K27ac,H3K4me1,H3K4me3,H3K27me3,结果确定了40181个活性增强因子,其中很大一部分表现出组织特异性和发育阶段特异性模式。利用连续的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq),发现这三个器官有成千上百个二价域都被H3K4me3和H3K27me3标记修饰,在这些器官发育过程中,可能使祖细胞在之后的发育过程中可以直接分化成不同的细胞类型。研究结果说明组织和发育阶段特异性表观基因组在调节人胚胎发育早期发育基因的时空表达中的具有潜在关键作用。

2-6-2 ChIP-Seq-案例分析-附图

人胎儿和成人组织中K27ac + K4me1阳性区域(潜在活性增强子)的动态变化

Yan L, Guo H, et al., Epigenomic landscape of human fetal brain, heart and liver. J Biol Chem. 2015. pii: jbc. M115.672931.