全基因组de novo测序 全基因组de novo测序,又称基因组从头测序,指不依赖参考基因组,对某物种进行全基因组测序和拼接组装,从而获得该物种的全基因组序列图谱,并为后续的基础生物学、分子育种、遗传基因改良等方面的研究奠定基础。

小标题-产品优势-中
高达N50组装指标;
少至contig数量;
极大提高复杂基因组的组装质量;
可以获得高精度的基因组图谱。

小标题-信息分析-中

基本信息分析 基因组Survey 1.K-mer分析;

2.GC-Depth分析;

3.估算基因组大小;

4.基因组杂合度和重复序列比例评估

基因组拼接组装 1.测序深度分析;

2.基因组GC含量分析;

3.染色体区域覆盖度评估;

基因组注释及功能分析 1.基因预测;

2.基因功能注释;

3.ncRNA注释;

4.重复序列分析;

5.GO分类;

6.KEGG通路分析

高级信息分析 比较基因组及进化分析 1.基因家族分析;

2.基因家族收缩/扩张分析;

4.物种系统进化树构建;

5.正向选择基因分析;

6.物种分化时间计算;

7.直系同源基因鉴定;

8.基因组共线性分析;

9.全基因组复制分析

个性化信息分析 多组学整合分析 1.全长转录组整合分析;

2.其他组学整合分析:甲基化、小RNA、群体GWAS、群体进化等

小标题-样品要求-中

图标-NGS紫-样品-小
gDNA
450bp文库:总量≥2μg,浓度≥20 ng/μl

2、5kb文库:总量≥5μg,浓度≥30 ng/μl

20kb文库:总量≥30μg,浓度≥100 ng/μl

图标-NGS紫-文库-小
简单基因组:
450bp文库
2、5Kb文库
复杂基因组:
450bp文库
2、5、8Kb

图标-NGS紫-测序-小
简单基因组:
PE250:450bp文库 ≥50X
PE150:2、5Kb文库 ≥10X
复杂基因组:
PE250:450bp文库 ≥50X
PE150:2、5、8Kb文库 ≥30X

小标题-案例分析-中
Illumina二代测序平台完成鲤鱼全基因组de novo测序

本研究选取家养Songpu鲤鱼的纯合二倍体基因组DNA,经过Roch454,Illumina,SOLiD全基因组测序,拼接和组装并绘制了一个驯养鲤鱼(Songpu家系)的基因组草图。研究结果推测最近的全基因组复制发生于大约820万年前。对来自世界各地33种鲤鱼品种进行基因组重测序证实了鲤鱼的两个亚种鲤(C.carpio Haematopterus)和西鲤(C.carpio carpio)单一的起源。结合高分辨率的遗传图谱,该基因组草图为鲤鱼基因组辅助育种研究、优良品种快速培育提供了重要基础。

2-4 全基因组de novo测序-案例分析-附图-小

鲤鱼50条染色体基因组草图

Xu P, Zhang X, et al., Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio. Nat Genet. (2014), 46(11):1212-9.