技术简介   

非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。分为看家非编码RNA(housekeeping non-coding RNA)和调控非编码RNA(regulatory non-coding RNA),其中具有调控作用的非编码RNA按其大小主要分为两类:短链非编码RNA(包括siRNA、 miRNA、piRNA)和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)。已有初步的研究报道表明人类80%的疾病都与ncRNA有关。全面挖掘与疾病相关的新型ncRNA,并对其在早期发生发展的调节作用进行结构特征和功能分析。在此基础上,与特定生物学现象联系起来,可研究正常细胞或组织与病理样品中非编码RNA的差别和调控作用,揭示与之相关的遗传特性或疾病机理。

技术路线

原核转录组测序 - New Page

信息分析   

1、测序数据处理及产量统计

2、测序饱和度分析

3、测序数据中,编码及多种非编码RNA所占比例

4、长链非编码RNA的注释

5、长链非编码RNA的表达形式和表达量研究

6、新的长链非编码RNA的序列预测和功能预测

案例分析

Lv J, Cui W, et al., Identification and characterization of long non-coding RNAs related to mouse embryonic brain development from available transcriptomic data. PLoS One. 2013;8(8):e71152.

背景:长链非编码RNA(lncRNAs)是RNA重要的一族,已经被广泛关注。尽管在较高等的哺乳动物已经有功能注释和分类探索,lncRNAs表达在胚胎大脑组织中的研究非常少。考虑到大量的lncRNAs仅在大脑组织中转录,所以研究大脑发育阶段的lncRNAs是非常有趣的。

样本选择:大脑发育14天、15天、17天的小鼠胚胎

测序策略:RNA-Seq

分析结果:

1、本文利用自主研发的信息分析流程,整合分析现存的公共数据库里的胚胎脑组织转录组数据,发现了数以千计的新的lncRNA。

2、新预测的lncRNAs比已知基因的长度更短、可变剪切较少、保守性更低。

3、与已知的基因比较,新预测的lncRNAs的表达量更低。

4、从染色质的数据来看,与已知的lncRNAs比较,新预测的lncRNAs与活性染色质标记关系更紧密。GO分析推测的胚胎脑组织lncRNAs表明与大脑的发育有关。新预测的lncRNAs和基因组印记之间有顺式调节作用。

5、总的来说,本文中系统全面的预测出的新lcnRNA会给哺乳动物脑发育的带来新的启示。

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图为:在不同基因组元件中的新预测出的lncRNA和现有数据库的交集情况

样本要求

1、长链非编码RNA:无论动物植物,请一次性提供8μg的高质量总RNA;为保证实验的延续性,一次性提供至少2次样本制备量。

2、样品浓度和纯度: 样品浓度>200ng/μl;OD260/280介于1.8-2.0,无肉眼可见污染。

3、样品质量:使用Agilent Bioanalyzer仪器检测,则获得的总RNA应 28S:18S≥1,RIN≥7.5。

4、样品保存:请选择乙醇、DEPC水保存样品,并在样品信息单中注明。

5、样品运输:样品请置于1.5ml管中,并使用封口膜封好后干冰运输。请勿反复冻融。