技术简介

DNA甲基化对生命活动非常重要,是基因调控的手段之一(即通过对位于启动子及第一外显子区的CpG岛的甲基化而抑制基因的表达),它在维持细胞正常功能、传递基因组印记,胚胎发育、肿瘤发生等方面起着至关重要的作用,更是表观遗传学研究的热点。Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing (MeDIP-Seq)技术可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织或疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。

技术路线

MeDIP-SEQ测序

Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing(MeDIP-Seq)基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术,采用甲基化DNA免疫共沉淀技术,通过5′-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段,然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。

信息分析  

1、数据产出统计:对测序结果进行图像识别、去污染、去接头,统计结果包括read长度、read数据、数据产量;

2、MeDIP 测序序列与参考基因组序列的比对;

3、MeDIP测序数据的全基因组分布趋势;

4、统计MeDIP测序数据富集区域 ( Peak ) 的信息;

5、基于peak 的全基因组甲基化差异分析。

案例分析

Salpea P, Russanova VR, et al., Postnatal development-and age-related changes in DNA-methylation patterns in the human genome. Nucleic Acids Res,(2012),40(14): 6477-94.

在发育和衰老之间发生的DNA甲基化改变已有报道,然而,关于出生后和衰老相关的表观基因组动态学仍不清楚。从基因组水平对新生儿和成人细胞间的人类甲基化模式尚未有人研究。

样本选择:第一个实验:新生儿5个男婴和4个女婴的脐带血,成人3男和6女的外周血

第二个实验:新生儿3男和7女的脐带血,成人6男和4女的外周血

测序策略:MeDIP-SEQ

分析结果:

1、部分CpG甲基化在2Mb是恒定的,因此,MeDIP在这片文章中大部分反应CpG的含量。在新生儿和成人之间CpG含量存在较小范围的差异;

2、重复序列的子集不同DNA甲基化水平明显不同,但是在新生儿和成人间,GA/CT富集区和人卫星DNA没有显著不同。

3、特定基因序列具有高度同源的拷贝可能有利于发育和衰老相关表观遗传学的重塑。

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样品要求

1、需提供至少30ng的抗体富集后的DNA片段(片段长度200-500bp),为保证实验质量及延续性,请一次提供至少2次样本制备的量;

2、样品浓度和纯度:基因组DNA样品浓度>2ng/μl; OD260/280介于1.8-2.0,无肉眼可见污染;

3、样品保存:请选择乙醇、纯水进行保存,并在样品信息单中注明;

4、样品运输:请将样品置于1.5ml管中,并用封口膜封好。

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