BioNano Saphyr 辅助基因组组装-标题图-小

BioNano光学图谱系统基于单分子光学图谱技术,通过其特有的芯片技术使完整的单一DNA分子可以在纳米通道中平行排列,拍照成像,展示更完整的基因组图谱。通过单分子光学图谱,提供基因组宏观的框架支持,保证拼接组装结果的准确性和真实性。在重复序列区域,可以准确地确定重复片段拷贝数。通过Illumina或PacBio测序,结合BioNano图谱进行Scaffolding,使组装指标显著提升。

小标题-产品优势-中

可验证测序组装结果的准确性,对测序组装片段进行排序和方向定位,并且识别测序组装中潜在的错误组装;
不需要将DNA分子打断成短片段,也不进行扩增,最长读长可达Mb级,真实地展示基因组信息;
可提高基因组组装效果,大幅度提高scaffold N50的长度,减少scaffold的数量;
可评估相邻序列片段之间的gap大小。

小标题-技术路线-中

4-1 辅助基因组组装(BioNano)-组装分析-附图1

BioNano辅助基因组组装分析流程图

小标题-样品要求-中

图标-NGS紫-样品-小
哺乳动物:血液≥5ml
鱼:血液≥300μl
植物:黄化苗≥2g

图标-NGS紫-文库-小

高质量DNA单分子文库

图标-NGS紫-测序-小
测序深度≥100X

小标题-案例分析-中

应用PacBio与BioNano对玉米基因组测序和组装

冷泉港实验室的研究人员利用单分子实时测序和高分辨率光学图谱技术对玉米参考基因组进行组装和注释,可作为基因组学和农业功能性研究的基础模型。
研究人员采集玉米近交品系B73, NCRPIS (PI550473),通过PacBio RSⅡ平台,65X测序深度,组装得到了2958个Contig,ContigN50超过1.2Mb。PacBio测序结果弥补了之前版本的大量gap,涵盖了几乎全部10条染色体的着丝粒和部分端粒序列。然后通过结合BioNano光学图谱进行Scaffolding,获得625个Scaffold。并通过Illumina HiSeq2500平台,100X测序深度矫正三代组装错误,提高测序准确度。相对于此前的参考基因组,本研究中组装的Contig长度增加了52倍,并且在基因间区和着丝粒的组装方面有了显着的提升。

4-1 辅助基因组组装(BioNano)-案例分析-附图-小

利用光学基因组图谱对着丝粒和端粒进行质量评估

Yinping Jiao, Paul Peluso, Jinghua Shi. An improved maize reference genome with single-molecule technologies. Nature. 2017 Jun 22. doi:10.1038/nature22971