De novo组装又犯难?贝瑞基因PacBio 60Kb文库带您畅享新指标

随着PacBio公司对Sequel系统及其试剂耗材升级的发布,小贝相信各位看官都已看到新试剂在读长、产出等方面的优异表现。但是,贝瑞基因并没有满足于现状,在文库优化的道路上继续探索,希望更长片段的文库与更长的读长相得益彰,有效助力基因组研究。

 

60Kb-Normal文库,新标准,原成本

在进行de novo组装项目时,通常构建20Kb的大片段文库,以保证后续用来进行组装的reads的长度。但是,20Kb文库数据对于支持高指标的组装结果还是显得非常吃力。为此,贝瑞基因对de novo组装项目的20Kb文库进行免费升级,文库大小由20Kb升级至60Kbsubreads N50承诺也升级至20 Kb如此给力的升级,价格竟然丝毫未变,小贝也不禁为之赞叹了!

下面,小贝还准备了一批实测数据,以展示升级后的建库模式和PacBio新试剂完美结合的表现。文库A和文库B均是60Kb-Normal文库,然后在PacBio Sequel平台测序,进行数据质控后结果显示,数据产出提升到了12Gb左右,同时Subreads N50均已达到25Kb左右。这样的表现,可以说非常给力了。

 

表1 60Kb-Normal文库数据表现

 

60Kb-Gold文库,升级版,更震撼

如果贝瑞基因当前的升级版60Kb-Normal文库依然无法满足需求,您仍然不用焦虑,因为贝瑞基因还研发了更具震撼力的60Kb-Gold文库。60Kb-Gold文库测序时,我们会构建一个更优质的60Kb文库,更优质的文库自然会有更高的承诺,所以此时,我们的Subreads N50承诺至30Kb,相对于60Kb-Normal文库Subreads N50承诺的20Kb也是非常显著的提升。

下面,小贝仍然是用一批实测数据来展示60Kb-Gold文库的优异表现。文库C/D/E/F分别构建了60Kb-Gold文库,在PacBio Sequel平台测序并质控后结果显示,Subreads N50均已超过30Kb,而数据量依然在稳定、高产的状态。看到这样的表现,小贝对于高杂合、高重复序列的组装又重燃希望了。

 表2 60Kb-Gold文库数据表现

 

样本量,低起始,无需愁

对于构建60Kb的大片段文库,小贝心里首先还是想到样本总量要求是不是特别高?常规样本是不是很难符合条件?跟研发人员沟通后才发现,小贝的担心完全是多余的。

  1. 对于60Kb-Normal文库,DNA总量标准仍为7ug,DNA主带大小要求60Kb以上;
  2. 对于60Kb-Gold文库,DNA总量标准仅仅上调至10ug,DNA主带大小要求60Kb以上。

贝瑞基因最新研发的60Kb-Gold、60Kb-Normal文库,与PacBio Sequel新版试剂相得益彰,为更多高杂合、高重复序列组装提供了有效解决方案!详情请咨询贝瑞基因当地销售,或致电010-84409702。

 

 

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