【年终大盘点】贝瑞基因不忘初心服务至上,RNA-Seq硕果累累

即将和2017年作别,静心回顾,只为更好的前行。基于建库流程、信息分析流程乃至整体项目流程的持续优化,在此,我们选取RNA-Seq业务线作为代表,梳理2017年的所获所得,精选十篇本年度贝瑞基因提供RNA-Seq服务支持的客户发表文章,沉淀、思考、行动,走进更好的2018!

文章一:整合单细胞和群体细胞转录组数据推断细胞分化时间的重要作用

11月30日,国际著名学术期刊《Nature Communications》在线刊发了中国科学院上海生科院马普计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组与中科院生物化学与细胞生物学研究所的景乃禾研究组和清华大学的沈沁研究组合作发表的论文“Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data”。该研究通过开发计算工具包(iCpSc)用于整合单细胞和群体细胞转录组数据,来预测细胞分化过程中单细胞的分化时间和路径,并通过基因调控网络分析寻找重要调控因子和信号通路。

 

文章二:植物激素“核受体”作用机理

10月2日,中国科学院遗传所李传友研究组在国际学术权威刊物《PNAS》在线发表了题为“Mediator subunit MED25 links the jasmonate receptor to  transcriptionally active chromatin”研究论文,研究证明在茉莉酸信号转导中,植物Mediator的亚基MED25通过与“核受体”COI1直接相互作用而建立起了茉莉酸受体蛋白与RNA聚合酶II及染色质沟通的“桥梁”。

 

文章三:反式剪接提高基因的翻译效率

9月1日,中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组在国际学术权威刊物《Genome Research》发表了题为“Trans-splicing enhances translational efficiency in C. elegans”的文章,揭示了 5’UTR 调控翻译的分子机制,为进一步研究翻译水平的调控奠定了基础。

 

文章四:同义密码子对于mRNA水平的调控

8月24日,中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组在国际著名期刊《Molecular Biology and Evolution》上在线发表了最新研究成果“Codon-resolution analysis reveals a direct and context-dependent impact of individual synonymous mutations on mRNA level”。该研究揭示了同义密码子使用的多效性,为进一步解析密码子使用偏好的进化奠定基础。

 

文章五:三羧酸循环调控白色念珠菌致病性

8月7日,中国科学院微生物所黄广华课题组在国际著名期刊《PLoS Genetics》上在线发表了最新研究成果“Integration of the tricarboxylic acid (TCA) cycle with cAMP signaling and Sfl2 pathways in the regulation of CO2 sensing and hyphal development in Candida albicans”,该文章揭示了三羧酸循环调控白色念珠菌致病性的机制,为新型的抗念珠菌药物研发提供了新思路。

 

文章六:解析茉莉酸调控植物免疫的转录重编程

7月21日,中国科学院遗传所李传友研究组和山东农业大学的赵久海教授在国际著名期刊《The Plant Cell 》上共同发表了题为“MYC2 orchestrates a hierarchical transcriptional cascade that regulates jasmonate-mediated plant immunity in tomato”的文章,该文章解析了茉莉酸调控植物免疫的转录重编程,有助于学者深入理解茉莉酸调控植物抗病抗虫的机理,并为番茄抗病抗虫分子育种提供了重要的理论指导。

 

文章七:巴豆酰化修饰

5月12日,华东师范大学翁杰敏课题组在国际知名杂志《Cell Research》上在线发表“Class Ihistone deacetylases are major histone decrotonylases: evidence for criticaland broad function of histone crotonylation in transcription”,系统的证明了Ⅰ型组蛋白去乙酰化酶(HDAC)是细胞中关键的组蛋白去巴豆酰化酶,并且首次表明巴豆酰化等非乙酰化修饰在转录调控中可能具有广泛地与乙酰化不等同的重要作用。

 

文章八:成功克隆小麦雄性不育基因

4月28日,山东农业大学付道林教授领衔的科研团队在国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Communications》在线发表了最新研究成果“Wheat Ms2 encodes for an orphan protein that confersmale sterility in grass species”。该研究在太谷核不育小麦研究方面取得重大突破,成功克隆太谷核不育基因并对其机理进行了探讨,为将来实现小麦等作物的杂交制种创造了条件。

 

文章九:解开ER应激途径的未解之谜

3月27日,来自中科院上海生命科学研究院营养科学研究所的刘勇研究组与段胜仲研究组合作在国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Immunology》在线发表了题为“The metabolic ER stress sensor IRE1α suppresses alternative activation of macrophages and impairs energy expenditure in obesity”的文章,揭示了ER应激途径与脂肪组织巨噬细胞之间的新关联,指出巨噬细胞IRE1α途径是一种引发肥胖和代谢性疾病的新分子途径。

 

文章十:建立空间转录组测序新方法

2月16日,中国科学院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室景乃禾研究组在国际学术权威刊物自然出版集团旗下子刊《Nature Protocols》在线发表了的最新研究成果“Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq”。该研究工作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法,对于干细胞、肿瘤生物学和发育生物学研究具有无可比拟的重要功能。

 

文章十一…

文章十二…

… …

 

伴随着NovaSeq测序平台的引进和平稳运行,贝瑞基因测序服务会持续优化更新,以更高的质量和更短的周期服务于您!再见,过去;你好,未来!

 

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