BioNano Saphyr针对大物种的组装技能真有传说中的那么好?

BioNano Saphyr,一个集读长长、通量高、成本低、周期短于一身的平台,受到了众多基因组学研究人员的青睐,而贝瑞基因的BioNano Saphyr平台也因此受宠,积累了丰富的项目经验。今天,小编带大家一睹BioNano Saphyr的真实工作状态。

 

说到一个平台的工作状态,它的数据产出定能反映出很多信息。由于空间有限,小编在这里只能给大家展示几个典型的项目数据产出。

 

下表为贝瑞基因每个Chip的数据产出情况:其中某动物、某植物(基因组均>1Gb)分别为493.0675 Gb/chip、437.571 Gb/chip,而人的数据产出达到了717.6243 Gb/chip,都远远超出了官方标准。同时,酶切标记密度分别为12.39、13.71、11.99,也都达到了官方的参考标准(8~15 /100Kb)。由此得出结论,BioNano Saphyr对于不同物种的数据表现都棒棒哒,并且人的数据表现尤其突出。

贝瑞基因BioNano Saphyr平台实际项目数据产出

20170925-BioNano Saphyr针对大物种的组装技能真有传说中的那么好-附图1

注:Avg. Label Density (per 100 Kb): DNA分子每100Kb 的平均label酶切标记密度(参考值:8~15 Labels /100Kb);不同物种组织的产出存在样品依赖性。

 

再来一张图看看数据产出是否稳定:该图展示的是每次拍照成像所收集到的数据量,可以看出,BioNano Saphyr在平台稳定性方面也是不负众望的。

20170925-BioNano Saphyr针对大物种的组装技能真有传说中的那么好-附图2

 

对于BioNano技术的应用,目前比较广泛的就是辅助基因组组装了。在组装过程中和PacBio技术结合,不仅可以提升组装指标,同时基于BioNano光学图谱的高准确率,可以对PacBio的错误拼接进行矫正,真是匠心满满的组装技能!

BioNano技术辅助组装

20170925-BioNano Saphyr针对大物种的组装技能真有传说中的那么好-附图3

BioNano技术矫正PacBio错误拼接

20170925-BioNano Saphyr针对大物种的组装技能真有传说中的那么好-附图4

 

如下是小编整理的几个典型项目加入BioNano数据前后的组装效果对比。从表中数据可以看出,加入BioNano数据后,Contig N50、Scaffold N50的组装指标都得到了提升,尤其是Scaffold N50组装指标提升效果尤其显著,最高可提升12倍。所以小编可以很自信的说,BioNano光学图谱是一种非常有效且成本适中的组装技术。

20170925-BioNano Saphyr针对大物种的组装技能真有传说中的那么好-附图5

从数据产出、组装效果一路看来,BioNano Saphyr的组装技能果然如传说所言,成本低、耗时少、成效高,是众多组装技术中的一股清流!

 

想了解最新、最标准的PacBio、BioNano和NovaSeq测序技术,请联系贝瑞基因当地销售,或致电010-84409702/电子邮件sequence@berrygenomics.com,贝瑞基因为您提供全面有效的基因组学解决方案。

关注“贝瑞基因科技服务”微信公众号,获取最新资讯。

科技服务二维码

0 回复

发表评论

想要加入讨论?
欢迎自由加入!

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注