人类基因组测序

获取基因序列差异和结构变异信息,筛选与疾病相关的变异位点、研究疾病发病机制。

人全基因组测序(PacBio/Illumina)

对人类不同个体或群体进行基因组测序,在全基因组范围内挖掘DNA水平遗传变异,全面挖掘基因组的SNV/InDel/CNV/SV等各类变异。是目前获得人基因信息最为全面的测序手段,也是研究与辅助治疗人类疾病最重要的方式。

人全外显子组测序

利用探针捕获和富集外显子区域DNA序列,再通过高通量测序和分析获得与疾病相关的致病突变信息。WES测序深度更高,有利于发现常见变异、低频变异和罕见变异,且测序费用更低、周期更短。

目标区域测序

利用特制的探针对特定的蛋白编码区域 DNA 或某段特定序列进行捕获,富集后进行高通量测序的基因组分析方法。该方法能够获得指定目标区域的遗传信息,极大地提高了基因组中特定目标区域的研究效率,显著降低了研究成本。

低深度WGS CNV-seq

CNV(Copy Number Variation)是一种常见的基因组变异,研究人基因组中的 CNV有助于发现新的遗传致病因子和了解其多态性水平与进化历程。利用低深度 WGS 检测人基因组 CNV 具有分辨率高,检测全面且成本低廉等优势,适用于大规模样本的 CNV 分析。

全外显子/全基因组关联分析

通过全基因组测序(WGS)及全外显子组测序(WES)测序技术检测患者之间的基因差异,找出导致致病性差异的基因变异,探讨基因型差异与表型差异之间的相关性,以期预测疾病表型发生,使治疗更加个体化。

基因组SV检测(Bionano)

利用Bionano 技术准确度高,价格适中,可检测≥500bp结构变异,最高可达Mb级的优势,实现超大片段结构变异检测,真实地展示基因组中存在的各类结构信息,较为完全地检测基因组中的结构变异信息。

文章案例

致病性SV及样本情况

HiFi测序揭示综合征性智力障碍的致病性结构变异

 

日本横滨市立大学医学院和大阪市妇女儿童医院的科学家对一对患有综合征智力障碍的同卵双胞胎女孩进行PacBio HiFi测序,以探索之前未被全外显子测序检测到的致病变异。通过Trio家系样本和数据库过滤,获得一个12kb的倒位变异,该倒位直接破坏了CPNE9BRPF1两个基因并可能导致基因功能丧失。此外,基于Trio样本的单倍型定相分析还发现该倒位遗传自母亲。该研究清楚地表明了亚显微拷贝中性倒位的重要性, 以及利用长读长测序技术检测遗传病中这种变异的价值。

参考文献:Mizuguchi Takeshi, Okamoto Nobuhiko, Yanagihara Keiko et al. Pathogenic 12-kb copy-neutral inversion in syndromic intellectual disability identified by high-fidelity long-read sequencing[J]. Genomics, 2021, 113: 1044-1053.